Al poco tiempo de salir de Ibiza, se trasladó a Madrid, descubrió el misterio de la Iglesia de una manera vivencial y se entregó a ella con decisión.
La primera Comunidad de Hermanas Terciarias Carmelitas fundada por el padre Francisco surgió en Ciudadela (Menorca) a principios del año 1861.
Fueron varias las Comunidades que dejó fundadas antes de morir, y estaban repartidas en las Diócesis de Barcelona, Lérida, Tarragona, Barbastro, Huesca, Palma de Mallorca e Ibiza.
Siempre se habla de Francisco como un enamorado de la Iglesia, algunas de sus expresiones eclesiales son: <<Yo muero de amor por la Iglesia>>. <<¡Oh! -Iglesia- quién me diera poder aliviar sus angustias aunque fuera con mi propia sangre, ¡cuán gustoso la daría!>>.
A Francisco, también le gustaba repetir frases de confianza en Dios: <<¡Cuán bien cuidado está el que se fía de Dios!>>. <<Cuidad, Señor, de mí y yo cuidaré de vos...>>.
En la actualidad, las Hermanas Carmelitas Misioneras por él fundadas, se hallan presentes cumpliendo su misión, en numerosas naciones de Europa, Asia, África y América. Están entregadas al servicio de los hermanos en diversas obras humanitarias y apostólicas: como la enseñanza en colegios, el cuidado de los enfermos, la evangelización en tierra de misiones, y el trabajo en otras obras sociales.
El Padre murió el 20 de marzo de 1872. En Tarragona. Asistido por sus hijas espirituales, las misioneras carmelitas. Y allí, en Tarragona, reposan y se veneran aún hoy sus restos mortales.
